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Simulation of pooled-sample analysis strategies for COVID-19 mass testing Simulation de strategies d'analyse par echantillons groupes pour le depistage de masse de la COVID-19 Simulacion de estrategias en el analisis de muestras colectivas para las pruebas en masa de la COVID-19 ?????? ??????????? ????? ??????? ??????? ???????? ??????? ??????-19 ??????? 2019 ???????????????? ????????????? ????????? ??????? ? ??????????? ???????????? ???????? ??? ???????? ???????????? ?? COVID-19

ABSTRACT: Abstract Objective To evaluate two pooled-sample analysis strategies (a routine high-throughput approach and a novel context-sensitive approach) for mass testing during the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, with an emphasis on the number of tests required to screen a population. Methods We used Monte Carlo simulations to compare the two testing strategies for different infection prevalences and pooled group sizes. With the routine high-throughput approach, heterogeneous sample pools are formed randomly for polymerase chain reaction (PCR) analysis. With the novel context-sensitive approach, PCR analysis is performed on pooled samples from homogeneous groups of similar people that have been purposively formed in the field. In both approaches, all samples contributing to pools that tested positive are subsequently analysed individually. Findings Both pooled-sample strategies would save substantial resources compared to individual analysis during surge testing and enhanced epidemic surveillance. The context-sensitive approach offers the greatest savings: for instance, 58–89% fewer tests would be required for a pooled group size of 3 to 25 samples in a population of 150?000 with an infection prevalence of 1% or 5%. Correspondingly, the routine high-throughput strategy would require 24–80% fewer tests than individual testing. Conclusion Pooled-sample PCR screening could save resources during COVID-19 mass testing. In particular, the novel context-sensitive approach, which uses pooled samples from homogeneous population groups, could substantially reduce the number of tests required to screen a population. Pooled-sample approaches could help countries sustain population screening over extended periods of time and thereby help contain foreseeable second-wave outbreaks.

SUBMITTER: Deckert A

PROVIDER: S-EPMC7463190 | biostudies-literature | 2020 Jul

REPOSITORIES: biostudies-literature

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Project description:Introduction et but de l’étude NutriCoviD30 est une étude nationale multicentrique apportant les premières données objectives observationnelles sur les symptômes, répercussions et interventions nutritionnelles, 30 j après hospitalisation des patients pour COVID-19. Matériel et méthodes Après autorisation à démarrer l’étude de type 3 non interventionnelle (loi Jardé-NCT04365816) : détermination, à partir de la liste des sortants d’unités COVID, des patients à appeler 30 j après retour à domicile. Après information et non-opposition du patient, entretien téléphonique (avec aidant si besoin) pour recueil de données. Questionnaire comportant : informations sur séjour, poids et nutrition pendant hospitalisation, antécédents médicaux, symptômes ressentis de la maladie, évaluation de la prise alimentaire par échelle verbale/visuelle analogique SEFI® (Score d’Évaluation Facile des Ingesta), évolution du poids, alimentation et impact à 1 mois. Résultats et analyse statistique Les patients inclus ont été hospitalisés entre le 2 mars et 19 mai 2020 dans 11 hôpitaux, répartis dans 6 CHU et 5 régions françaises. Les données de 403 patients (sur 945 potentiellement incluables) ont pu être analysées. Population : 63 % d’hommes, âge moyen = 62,2 ± 14,2 ans, IMC moyen = 28,8 ± 5,3 kg/m2. Vingt pour cent des patients vivaient seuls, 2 % en EHPA/EHPAD, 78 % à plusieurs. Durée médiane [interquartile] de séjour = 13 j [8 ; 20], dont 30 % de passage en réanimation (médiane = 11 j [6 ; 20]) et 26 % en SSR. Assistance ventilatoire : 20 % sans O2, 34 % avec O2 < 3 L/min, 27 % avec O2 > 3 L/min, 19 %intubation. Quatre-vingt pour cent avaient au moins 1 maladie chronique. Les médianes de SEFI® étaient de 2,5/10 [1 ; 5] au plus mal (T1) pendant durée moyenne 10 j ± 8 ; de 7,5 [5 ; 0] à la sortie de l’hôpital (T2) et 10 [8 ; 10] à 1 mois de la sortie (T3). Le SEFI® change significativement avec le temps : +3,5 [2 ; 6] entre T1–T2, +6 [3 ; 8] entre T1–T3. Le poids moyen était 83,4 ± 17,3 kg avant la maladie, 77,0 ± 15,8 kg à l’hôpital et 78,9 ± 15,4 kg à 1 mois de la sortie : soit perte de poids moyenne significative de 8 % du poids d’origine (−6,5 kg poids brut) durant l’hospitalisation et gain de poids significatif de 4 % à 1 mois après la sortie (p < 0,001). Cinquante-sept pour cent des patients font habituellement attention à leur poids (dont 40 % pour perdre) et 42 % à leur alimentation (dont 23 % restrictive ou « sans »). Parmi les patients qui n’ont pas récupéré leur poids à 1 mois, 62 % invoquent une raison volontaire. Vingt-neuf pour cent des patients ont été en contact avec un diététicien ou médecin nutritionniste à l’hôpital, 24 % après leur sortie. Quarante-sept pour cent déclarent avoir eu une alimentation orale adaptée, 51 % des compléments nutritionnels oraux à l’hôpital, 8 % à la sortie. On retrouve 14 % de nutrition entérale et 6 % parentérale. À 1 mois de la sortie, 4 % ont altéré leur alimentation, 16 % adaptée, 18 % équilibrée, 63 %retrouvé une prise alimentaire habituelle. Une très grande fatigue reste le signe persistant pour 34 %. Conclusion Ces résultats vont permettre d’orienter les prises en charge, la prévention de la dénutrition et argumenter en faveur des recommandations des sociétés savantes.

Project description:Introduction La propagation de COVID-19 a amené la France à se confiner une 1ère fois du 17 mars au 11 mai 2020. Cette maladie potentiellement grave a confronté les patients atteints de psoriasis et recevant un traitement systémique, ainsi que leurs médecins, à de nombreuses incertitudes qui ont pu conduire à des modifications de leur traitement de fond. L’objectif de cette étude était d’évaluer les facteurs associés à une modification (arrêt, diminution de dose, espacement) du traitement systémique des patients au cours de la 1ère vague. Matériel et méthodes Étude ancillaire de la cohorte PSOBIOTEQ, portant sur les patients psoriasiques inclus avant le confinement et recevant un traitement systémique. Une enquête spécifique sur COVID-19 a été menée du 1er juin au 31 décembre portant sur la 1ère vague. L’analyse des facteurs associés à une modification du traitement systémique a été réalisée en uni et multivariée. Résultats Au total, 1664 patients (âge médian : 49 ans ; femmes : 37,4 %) ont été inclus dont 631 (37,4 %) provenaient de régions à forte incidence de COVID-19. Les patients étaient sous le même traitement depuis une durée médiane de 20 mois avant le confinement. Le nombre de cas suspectés/confirmés incidents de COVID-19 était de 43 (2,9 %). Au total, 282 (16,9 %) patients ont modifié leur traitement. Cette modification a été décidée par le patient (46,0 %), recommandée par un médecin généraliste (14,0 %), un dermatologue (16,2 %) ou était liée à un problème d’accès aux soins (ex: consultation annulée ou rupture de stock en pharmacie) (18,0 %). Parmi les patients ayant modifié leur traitement, 155 (58,7 %) ont eu une poussée de psoriasis au cours du confinement vs 189 (14,4 %) chez les patients ne l’ayant pas modifié (p < 0,0001). Aucune différence n’a été observée concernant les précautions vis-à-vis de COVID-19 pendant le 1er confinement entre les deux groupes. En analyse multivariée, les facteurs associés à une modification du traitement étaient : avoir une maladie cardiovasculaire (Odds ratio (OR) IC95 % 0,5 [0,3 ;0,7], p < 0,001), un diabète (OR IC95% 0,5 [0,2 ;1,1], p = 0,049) et le fait de consommer de l’alcool (OR IC95% 1,7 [1,1 ;2,6], p = 0,007). Discussion L’épidémie de COVID-19 a provoqué une modification des traitements systémiques lors de la 1ère vague parmi 16,9 % des patients de la cohorte–principalement décidée par les patients eux-mêmes–et entraînant des poussées de psoriasis. Les patients avec des comorbidités, facteurs de risque de formes graves de COVID-19, ont moins fréquemment modifié leur traitement systémique. En revanche, la consommation d’alcool était un facteur associé à une modification du traitement systémique. Le type de traitement de fond n’était pas retenu par le modèle. Ces résultats nous incitent à une meilleure anticipation sur l’information des patients et la continuité des soins en cas de crise sanitaire.

Project description:Introduction Les patients traités pour un cancer étant à risque de développer des formes sévères de COVID-19, les autorités sanitaires ont émis des recommandations pour optimiser leur prise en charge dès le printemps 2020. En quelques semaines, la prise en charge des patients en onco-hématologie a été bouleversée pour limiter le risque de contamination par la COVID-19, entraînant possiblement une peur, une anxiété ou des troubles psychologiques tels qu’un stress post-traumatique. Dans ce contexte de pandémie, l’étude COVIPACT (NCT04366154) vise à décrire les adaptations de traitements oncologiques ou de prise en charge, et l’état psychologique des patients à différents temps de la pandémie. Nous présentons ici les résultats portant sur la prise en charge oncologique. Méthodes Les patients traités pour un cancer solide ou hématologique et reçus en hôpital de jour des deux centres de lutte contre le cancer de Normandie pendant la période du premier confinement (mars-mai 2020) ont été inclus. Les modifications thérapeutiques décidées lors de réunions de concertation pluridisciplinaires ont été recueillies dans les dossiers médicaux. Les facteurs cliniques associés à une adaptation de prise en charge ont été recherchés par des modèles de régression logistique. Résultats Au total, 734 patients ont été analysés, d’âge médian 64 ans [24-89] et comptant 69 % de femmes ; 724 (99 %) présentaient un cancer solide, dont 60 % au stade métastatique, et 49 % bénéficiaient d’un traitement de première ligne. Les patients étaient principalement traités par chimiothérapie seule (49 %), chimiothérapie associée à une thérapie ciblée (17 %), thérapie ciblée seule (19 %), ou immunothérapie seule (8 %), les autres recevant une combinaison de traitements ; 272 patients (37 %) ont commencé ce traitement pendant la période de confinement. Au total, 195 patients (27 %) ont eu une adaptation de traitement ou de prise en charge d’un ou plusieurs types, dont 29 % de décalages de cures, 27 % de modifications de suivi (principalement télé ou visio-consultation), 16 % d’interruptions de traitement et 27 % de modifications du rythme d’administration. Ces adaptations étaient significativement associées au type de traitement (p < 0,001, régression logistique multivariable), plus souvent observées chez les patients traités par immunothérapie seule (43 %) ou thérapie ciblée seule (46 %), et moins souvent chez ceux traités par chimiothérapie seule (16 %). Par ailleurs, les patients traités pour une première ligne ou ayant un traitement initié pendant le confinement étaient moins sujets à voir leur prise en charge ou traitement adapté (respectivement 21 %, p = 0,018 et 14 %, p < 0,001). Les soins de support ont plus souvent été interrompus chez les patients dont la prise en charge a été adaptée (65 % versus 51 %, p < 0,001, n = 89). Par ailleurs, la crainte d’être infecté par la COVID-19 lors d’une consultation en centre de soins n’a pas été majorée chez les patients sans modifications de leur prise en charge classique ou de traitement tel qu’initialement prévu. Conclusion Le premier confinement national instauré pendant la pandémie de COVID-19 a induit une adaptation de traitement ou de prise en charge chez plus d’un quart des patients, décidée collégialement sur la base des traitements instaurés et le statut de la maladie, dans le respect des recommandations. L’impact à moyen terme de cette adaptation sur l’évolution de la maladie reste à étudier.

Project description:Introduction Le maintien de la continuité des soins dermatologiques pendant la pandémie COVID-19 a contraint les dermatologues à utiliser téléconsultation (TC) et télé-expertise (TLX). L’objectif de ce travail était d’estimer si l’implantation de la télédermatologie (TD) pendant la pandémie pourrait (ou non) compenser l’activité ambulatoire prédite en l’absence du COVID-19. Matériel et méthodes Entre janvier 2019 et décembre 2020 l’activité présentielle, soit le nombre mensuel de consultations dermatologiques programmées (CDP) et de consultations non programmées d’urgences dermatologiques (UD) ainsi que le nombre de TC et TLX ont été recueillis au sein d’un service hospitalo-universitaire de dermatologie. Pour chacune des activités, un modèle ARIMA (modèle autorégressif et moyenne mobile) a été appliqué afin de prédire l’évolution d’une série temporelle complète (représentation de phénomènes variant dans le temps et prédiction de valeurs futures en fonction de valeurs précédentes). Pour confirmer que ces modifications étaient liées à la pandémie COVID 19, un modèle d’inférence causale a été effectué. Résultats L’impact de la pandémie COVID 19 et des confinements sur l’activité d’un service de dermatologie est illustré dans la Figure 1 et le tableau 1. Pendant le premier confinement, on observe une nette diminution de l’activité présentielle : pour les UD, le modèle ARIMA et d’inférence causale montrent respectivement une baisse de 4472 et 4635 consultations entre mars et octobre 2020 (p < 0,001). Pour les CDP, on observe respectivement une baisse de 2720 et 2169 consultations (p < 0,001). Mis en place en mars 2020, la TC a permis de compenser partiellement cette baisse d’activité, sans influer de manière majeure en post confinement et pendant la deuxième vague, le nombre de consultations constaté tendant vers celui prédit, tout en restant dans la moyenne basse. Pour les UD post-confinement, le nombre de consultations constaté n’atteint pas celui prédit par le modèle ARIMA ou d’inférence causale : 1103 consultations constatées en juillet vs 1446 prédites par le modèle ARIMA. La TLX n’a été que très peu impactée par la pandémie. Discussion Nos résultats confirment que la limitation aux activités essentielles/vitales en période COVID a entraîné une baisse d’activité drastique en CDP/UD, non compensée par l’implantation de la TD. À partir d’août 2020, la faible influence des TC suggère que les praticiens hospitaliers sont revenus à leurs habitudes (activité présentielle). Enfin, l’assouplissement des mesures sanitaires post déconfinement n’a pas entraîné un retour massif des patients aux UD, suggérant une modification des pratiques de consultations de la population. Une étude qualitative est nécessaire pour déterminer la cause de cette baisse d’activité. L’adoption de la TD en définissant les meilleurs scénarios d’utilisations reste essentielle afin de l’intégrer durablement en dermatologie.

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