Transcriptomics

Dataset Information

0

RNA-seq analysis about Hira/Ubn1/Ubn2 knocked down samples


ABSTRACT: Histone chaperones are responsible for the deposition and removal of histones in chromatin and critical to prevent the abnormal activation of retrotransposable elements, which can be harmful to genome stability. One of the important histone chaperones is HIRA complex, which consists of Hira, Ubn1/Ubn2, and Cabin1 and mediates the installment of H3.3-H4 to nucleosome. We studied the function of members of HIRA complex in suppressing ERVs and found that histone H3.3 are enriched on all three classes of ERVs. Different HIRA members act distinctly in silencing ERVs. Ubn2 represses Class III ERVs including MERVL and Hira mainly silences Class I and Class II ERVs. Hira is enriched on Class I and II ERVs whereas its depletion affects the recruitment of H3.3. In contrast, Ubn2 is enriched on Class III ERVs, while its depletion influences H3.3 deposition and H3K9 methylation. This study extends our understandings of the mechanism by novel factors regulates ERVs.

ORGANISM(S): Mus musculus

PROVIDER: GSE177026 | GEO | 2021/12/12

REPOSITORIES: GEO

Dataset's files

Source:
Action DRS
Other
Items per page:
1 - 1 of 1

Similar Datasets

2022-10-31 | PXD035578 | Pride
2011-12-16 | E-GEOD-31794 | biostudies-arrayexpress
2018-08-23 | GSE117034 | GEO
2018-08-23 | GSE117032 | GEO
2021-07-14 | PXD025466 | Pride
2017-03-13 | GSE94034 | GEO
2011-12-16 | GSE31794 | GEO
2024-10-21 | GSE269268 | GEO
2024-10-21 | GSE269261 | GEO
2022-10-27 | GSE188493 | GEO