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Glycosylation, ligand binding sites and antigenic variations between membrane glycoprotein of COVID-19 and related coronaviruses Glicosilacion, sitios de union de ligandos y variaciones antigenicas entre la glicoproteina de membrana de la COVID-19 y los coronavirus asociados

ABSTRACT: A new coronavirus strain has wreaked havoc on human lives so the WHO was declared as a pandemic since 20th March 2020. The Membrane glycoprotein MP spans the viral envelope and it has a highly conserved glycosylation sequence.

Aim

Our study goal was to find out the N-glycosylation, ligand binding sites, and antigenic variations between COVID-19 and other associated viruses.

Methods

We performed In silico methodologies for serial analysis at both an operational and result/output level is assessed and compared study factors.

Results

We detected high similarity in sequence alignment for >89% between COVID-19 MP and other MP of CoVs. Prediction of N-glycosylation and cytotoxic T-cell epitopes, we identified precisely sites between SARS-CoV-2 MP and Pangolin CoV MP 100%. We also didn’t obtain any similarity in ligand binding site residues between MP sequences. Our study didn’t reveal any similarity in CTL epitope predication between coronaviruses under study using the CTLPred server.

Conclusions

Our results exhibit that the membrane glycoprotein of SARS-CoV-2 is closely associated with predecessor SARS-CoVs specifically Pngolin CoV. Prediction of novel CTL epitopes may substantial scopes for the expansion of a peptide-based vaccine for the inhibition virion assembly of SARS-CoV-2.

SUBMITTER: Dawood A

PROVIDER: S-EPMC7882953 | biostudies-literature | 2021 Jan

REPOSITORIES: biostudies-literature

ACCESS DATA

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Project description:Introduction L’âge, facteur principal de la COVID-19 sévère/mortelle, explique que les résidents des EHPAD, âgés et/ou comorbides, soient à risque. L’ivermectine (IVM), anti-parasitaire, a montré une activité antivirale anti-SARS-CoV-2 in vitro (étude australienne). La moxidectine (MOX) pourrait aussi être intéressante (demi-vie longue). Lors d’une épidémie de gale en EHPAD où les résidents ont reçu de l’IVM orale, nous rapportons son impact sur la Covid-19 survenue en parallèle. Observation Le 6/03/20 : patiente de 66 ans = résidente-1, EHPAD-A (Seine-et-Marne, 77), hospitalisée pour gale profuse. Incluse dans l’essai contrôlé randomisé (ECT) « gale CRUSTED ; NCT02841215 », a reçu 3 doses d’IVM (400 ou 200 ?g/kg en insu ; J0-J7-J14). Trois autres résidents avaient une gale ; et résidents et personnels ont reçu IVM 200 ?g/kg J0–J7 (n = 121). Retour de la résidente-1 à l’EHPAD-A le 17/03 (plan blanc). Étude épidémiologique : Les cas probables ou confirmés (PCR) de COVID-19 de l’EHPAD-A entre 5/03 et 15/05 ont été identifiés, facteurs de risque, sévérité et mortalité précisés. Durant cette période, les infections COVID-19 et décès des autres EHPAD du 77 étaient déclarés à l’ARS. Une comparaison EHPAD-A et contrôles (EHPAD du 77 comparables en âge, effectif et tarif) était réalisée. Étude virologique in vitro : Mesure de l’activité anti-SARS-CoV-2 de l’IVM et MOX sur cellules VeroE6 à doses croissantes (0,05–10 ?M) par quantification ARN et immunofluorescence ; viabilité des cellules surveillée. Résultats Soixante-neuf résidents (incluant résidente-1) et 52 personnels EHPAD-A ont reçu l’IVM : âge médian résidents 90 ans (84–94), 78,3 % femmes, 98,6 % au moins une comorbidité à risque de COVID-19 sévère. 11 sujets présentaient une COVID-19 probable ou certaine (7/69 résidents et 4/52 personnels, fréquence 10,1 %). Parmi les résidents, 90,9 % (10/11) ont eu une COVID-19 minime, sans oxygène ou hospitalisation, aucun mort. Parmi les 177 EHPAD du 77, 45 étaient inclus comme contrôles, soit 3062 résidents (âge médian 86,2 ans, 77,3 % femmes). Parmi eux, 22,6 % [95 %IC 16,3-28,9] ont eu la COVID-19 vs. 1,4 % EHPAD-A avec une mortalité attribuable de 4,9 % [95 %IC 3,2-6,5] vs. 0 % EHPAD-A. Une activité antivirale majeure in vitro de l’IVM et MOX (EC50 IVM 0,14 ± 0,02 ?M et MOX 0,48 ?M ± 0,08 ?M) avec viabilité cellulaire préservée était observée. Discussion Tous les cas observés de COVID-19 dans l’EHPAD-A « traité » par IVM étaient mineurs, sans décès durant la période d’étude, alors que les résidents des EHPAD « contrôles » (sans IVM), appariés selon âge, effectif et niveau socio-économique, ont montré une fréquence de COVID-19 et une mortalité plus élevées. L’IVM pourrait avoir un rôle protecteur (suggéré depuis dans étude US), conforté par l’étude virologique. Malgré les limites –caractère observationnel et absence de corrélation démontrée in vitro/in vivo–, la plausibilité est suffisante pour réaliser un ECT en cluster de prévention par IVM et MOX en EHPAD.