Project description:Next generation sequencing has radically changed research in the life sciences, in both academic and corporate laboratories. The potential impact is tremendous, yet a majority of citizens have little or no understanding of the technological and ethical aspects of this widespread adoption. We designed BeerDeCoded as a pretext to discuss the societal issues related to genomic and metagenomic data with fellow citizens, while advancing scientific knowledge of the most popular beverage of all. In the spirit of citizen science, sample collection and DNA extraction were carried out with the participation of non-scientists in the community laboratory of Hackuarium, a not-for-profit organisation that supports unconventional research and promotes the public understanding of science. The dataset presented herein contains the targeted metagenomic profile of 39 bottled beers from 5 countries, based on internal transcribed spacer (ITS) sequencing of fungal species. A preliminary analysis reveals the presence of a large diversity of wild yeast species in commercial brews. With this project, we demonstrate that coupling simple laboratory procedures that can be carried out in a non-professional environment with state-of-the-art sequencing technologies and targeted metagenomic analyses, can lead to the detection and identification of the microbial content in bottled beer.
Project description:datos de ms/ms del veneno de escorpión Centruroides bicolor de Panamá. archivos por duplicado de cortes con quimiotripsina y tripsina
Project description:Primary objectives: L’objectif principal est d’évaluer le taux de patients sans échec de la stratégie expérimentale 16 mois après la randomisation.
Primary endpoints: Le taux de patients sans échec de la stratégie après la randomisation. L’échec de la stratégie est défini par: • Progression (définie dans chaque bras)* en utilisant les critères RECIST v1.1 ou• Décès (toutes causes confondues) ou• Toxicité conduisant à l’arrêt définitif d’un des produits de la chimiothérapie (oxaliplatine et/ou irinotécan) • Refus du patient de poursuivre la stratégie • Décision de l’investigateur d’arrêter la stratégie
Project description:datos de ms/ms del veneno de escorpión Tityus cg asthenes de Panamá. archivos por duplicado de cortes con quimiotripsina y tripsina
Project description:Primary objectives: De la 1ère partie de l’étude (Phase I) :- Définir la dose recommandée d’irinotécan selon un schéma d’administration bimensuel en association avec une dose fixe de sorafénib
De la 2ème partie de l’étude (Phase II) :
- Principal : - Evaluer le taux de contrôle de la maladie (disease control) chez des patients atteints de cancer colorectal métastatique ayant une mutation de KRAS
- Secondaires : Evaluer la toxicité, la survie sans progression et la survie globale
Primary endpoints: PHASE I :
L’escalade de dose est réalisée selon la méthode standard avec au moins 3 patients à chaque palier et un maximum de 6 patients en cas de toxicité limitante. Le nombre minimum de patients est de 3 et le maximum est de 18.
En cas d’association irinotécan : 125 mg/m2 + sorafénib : 400 mg deux fois par jour, responsable d’une toxicité limitante, l’essai serait stoppé.
Définition de la toxicité dose limitante (DLT)- Toxicité hématologique : grade 4 (granulocytes < 500/mm3, plaquettes < 50 000/mm3) > 7 jours, neutropénie fébrile (fièvre > 38°5 C avec neutropénie de grade 3-4), sepsis concomitant d’une neutropénie de grade 3-4, thrombopénie symptomatique (hémorragie).- Diarrhée grade 4.- Toute toxicité de grade 4 (à l’exception des vomissements en l’absence de traitement préventif ou de l’alopécie).- Toute toxicité nécessitant un retard de cure de plus de 15 jours
Définition de la dose maximale tolérée (DMT)La DMT est atteinte si 33% des patients ont au moins une DLT au cours des 3 premières cures de traitement (1,5 cycle).
PHASE II :
L’objectif principal de l’étude de phase II est le taux de contrôle de la maladie (disease control) défini comme un taux de réponse objective ou une stabilité. - Si le taux de contrôle de la maladie est de 20 % ou moins, l’association expérimentale serait considérée comme inefficace - Si le taux de contrôle de la maladie est de 40 % ou plus, le régime pourrait être considéré comme prometteur.
Le plan expérimental de l’étude est un plan de Simon à deux étapes selon un design mini-max (alpha = 10 % ; 1.-beta = 95 %).Un total de 45 patients évaluables est nécessaire à l’inclusion avec une 1ère analyse après 21 patients. A la fin de la 1ère étape (21 patients) : - Si on observe moins de 4 contrôles de la maladie (3 ou moins), l’association expérimentale sera considérée comme inactive et l’essai sera stoppé. - Dans le cas contraire, l’étude sera poursuivie par l’inclusion de 24 patients supplémentaires.
A la fin de la 2ème étape: - Si on observe moins de 14 contrôles de la maladie (13 ou moins), le protocole sera considéré comme insuffisamment actif. - Si on observe au moins 14 contrôles de la maladie, le protocole sera considéré comme prometteur.
Le Comité de Surveillance de l’essai pourrait considérer d’arrêter les inclusions s’il considère que le taux de toxicités sévères est trop important par rapport à ce qui est attendu dans cette association et dans le cas où l’ensemble des données provenant de sources extérieures à l’essai sont suffisamment convaincant pour influencer les pratiques thérapeutiques. Il en sera de même pour la validation de l’efficacité en phase II. Un plan d’analyse statistique détaillé sera rédigé avant le gel de la base.
Le taux de contrôle de la maladie sera calculé avec un intervalle de confiance à 95 % sur l’ensemble des patients inclus et selon l’administration en 2ème ou 3ème ligne de traitement.Les patients inclus en phase I et traités avec une dose sélectionnée d’irinotécan seront inclus dans cette analyse.
Project description:Primary objectives: o Estimer l’observance chez des patients traités par capecitabine (Xeloda), une chimiothérapie orale, pour un cancer colorectal ou mammaire suivant deux techniques complémentaires :• par système électronique individuel enregistrant l’heure et la date à laquelle le patient prélève ses pilules avant leur ingestion supposée• des prélèvements pharmacocinétiques couplés à une modélisation pharmacocinétique de population du Xeloda et des métabolites afin d’imputer l’observance sur les dernières prises précédant le prélèvement.
Primary endpoints: a) MESURE DE L’OBSERVANCE ET EVALUATION DU PROFIL TYPE DU PATIENT :
Etape Io Comptage des pilules restantes dans les blisterso Modélisation PK pour estimer l’observance des dernières priseso Auto-questionnaire à l’inclusion et entretien semi-directif dans les 2 mois suivant la fin du cycle 6 de traitement.Etape IIo Comptage des pilules restantes dans les piluliers à bouchon électroniqueo Analyse des temps d’ouverture des piluliers à bouchon électronique pour estimer l’observance sur la totalité du cycle.o Modélisation PK pour estimer l’observance sur les dernières prisesAuto-questionnaire à l’inclusion et entretien semi-directif dans les 2 mois suivant la fin du cycle 6 de traitement.
b) CRITÈRES D’ÉVALUATION clinique :
Lors de chaque visite du patient correspondant à la fin d’un cycle de traitement, soit toutes les 3 semaineso Un personnel de l’équipe clinique vérifiera avec le patient que les effets secondaires ont bien été notés dans son Carnet de Liaison, ce pour chaque semaine du cycle de traitement. Il (ou elle) complètera éventuellement le Carnet de Liaison sur les indications du patiento Le Carnet de Liaison sera photocopiéo Les toxicités notées dans le Carnet de Liaison seront quottées suivant le système de classification du National Cancer Institute of Canada Common Toxicity Criteria (NCIC CTC) pour chaque semaine du cycle.o Evaluation tumorale
Project description:Primary objectives: Taux de contrôle de la maladie à 12 mois (12 mois après randomisation)
Primary endpoints: La Durée de Contrôle de la Maladie (DCM) est définie comme l’intervalle de temps entre la date de randomisation et la date de progression : - comparé à l’évaluation de l’inclusion si progression au cours de la première séquence thérapeutique - comparé à l’évaluation avant la dernière reprise de la chimiothérapie au cours d’une séquence de traitement par chimiothérapie - ou au décès (dû à la progression)Une progression au cours d’un ILC n’est pas prise en compte pour le calcul de la DCM. En revanche, chez les patients ayant définitivement arrêté la chimiothérapie pour intolérance, la progression sous anti-angiogénique seul sera prise en compte. Les patients vivants sans progression ou décédés pour une autre raison que la progression seront censurés à la date de dernière évaluation ou du décès. La progression est définie selon les critères RECIST. Une ascension isolée des marqueurs tumoraux n’est pas considérée comme une progression.